İsa Yusuf Alptekin (Uygurca: Eysa Yusup Alptekin) Çin Cumhuriyeti'nin ilk döneminde Uygur siyasetçisi ve Doğu Türkistan Cumhuriyeti'nin genel sekreteri.
1901 yılında Doğu Türkistan'ın Kaşgar vilayetine bağlı Yenihisar kasabasında doğdu. Öğrenimini Doğu Türkistan'da tamamladıktan sonra çeşitli memuriyet görevlerinde bulundu.
Sincan eyaletinine memur olarak görev yapmış ve 1926 yılında Sovyetler Birliği'ne Andican konsolosluğuna yazıcı olarak gönderildi ve orada millî mücadele taraftarlarıyla bağlantı kurdu.
1931'de Hoca Niyaz tarafından başlatılan ayaklanma (Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti) sırasında Kuomintang'a yanaşmış ve Sincan eyaleti valisinin zulmü hakkında Çin hükûmetine bilgi aktarmıştır. Bu durumun önlenmesini, aksi takdirde ayaklanmanın yayılacağını, Sovyetler'in işgalinin söz konusu olacağını bildirmiştir. Nankin'de dergiler çıkararak Doğu Türkistan'ın özerklik haklarını genişlettirmeye çalıştı. 1936 yılında Çin Cumhuriyeti meclisi üyeliğine seçildi.
1944'te İli'de başlayan ayaklanma (Doğu Türkistan Cumhuriyeti) neticesi kurulan hükûmete girmesini ilgililer istemedi. Ancak 3 yıl sonra Kuomintang'ın temsilcisi olarak Doğu Türkistan hükûmetine girdi ve genel sekreterliğine getirildi.
1949'da Çin Halk Kurtuluş Ordusu'nun Doğu Türkistan'da konuşlandırılması ile birlikte o günkü Hindistan'ın Keşmir eyaletine sığındı.
1954 yılında Türkiye'ye geçti. Türkiye'ye gelir gelmez İstanbul'da Doğu Türkistan Göçmenler Cemiyetini kuran İsa Yusuf Alptekin Shärqiy Türkistan awaz (Doğu Türkistan Sesi) dergisini çıkararak Doğu Türkistan sorununun dünya kamuoyuna anlatılmasına yoğunlaştı.
Yabancı ülke yöneticileri nezdinde olduğu kadar Türkiye hükûmetleri nezdinde de Doğu Türkistan davasının anlatılması için mücadele verdi. Parti liderleri, başbakan ve cumhurbaşkanlarıyla görüştü.
Bir konuşmasında, "Gönül arzu eder ki, Türkistan meselesinin halledilmesi davasında öncülük şerefi, Türkiye'nin hakkı olsun...."diyen İsa Yusuf Alptekin, 17 Aralık 1995 gecesi öldü.
Oğlu Erkin Alptekin de Doğu Türkistan bağımsızlık hareketinin eylemcisi olarak tanınmaktadır.
